1.还款方式的区别：公积金按月对冲又被称为逐月还款法，是指银行每个月固定的时间从用户的公积金账户上扣除一部分的资金用来偿还房贷，通常情况下是使用公积金账户的资金冲抵部分或全部的房贷月还款额;而公积金按年对冲又被称为一次性还款法，是指用户直接使用公积金账户余额冲抵贷款本金。

2.还款结构不同：公积金按月对冲的还款方式下，用户使用公积金账户余额在对月供进行还款的时候，是包括了本金和利息的还款的;公积金按年对冲则是在年底的时候提取公积金账户余额一次性偿还部分或全部的贷款本金，公积金按年对冲还款方式下是不涉及到房贷利息还款的。