1、管理机构不同：国管是由中央国家机关住房资金管理中心管理的;市管就是各市住房公积金中心管理的。

2、两者的适用范围有所区别：国管公积金可以跨地区使用;市管公积金只能在本地或是在规定可异地贷款的城市使用。

3、缴存账号的区别。在通常情况下，国管公积金的缴存账号是以“502”或“512”开头的;而市管公积金则是以“身份证号码”开头，并且末尾加“00”。所以，如果您不清楚自己的公积金是国管公积金还是市管公积金，不妨看一下自己的缴存账号。如果您的公积金缴存账号是以“502”或“512”开头的，那么您的公积金就是国管公积金。而如果您的公积金缴存账号是以“身份证号”开头，并且末尾加“00”，那么您的公积金就是市管公积金。

4、准备证件的区别。在做公积金贷款的时候，无论是国管公积金还是市管公积金都需要买卖双方提供身份证、户口本、结婚证等基本资料。但国管公积金还需要准备单位开据的收入证明，而市管公积金就不用开据收入证明。

5、办理周期长短的区别。公积金贷款在办理时间上往往要长于商业贷款。但国管公积金与市管公积金在办理时间上也有差别。一般情况下市管公积金的办理时间在30天到45天之间。而国管公积金办理时间则要45天到60天。也就是说市管公积金在办理时间上要比国管公积金时间短