公积金还贷款金额不足会二次扣款，因为公积金房贷在还款日扣款失败或者是扣款余额不足，那么是会在还款日发起第二次扣款的。按照先公积金账户余额再还款卡金额的顺序进行扣款，如果公积金账户余额足够扣款则不会再扣银行卡的钱，公积金账户余额不足再从银行卡里扣除。

此外，系统自动扣款的时间是不固定的，但是也有规律可循，如果连续几个月都在同一个时间段扣款，那么公积金贷款扣款时间就基本已经固定了。因此需要在还款日之前，把足够的资金存进去，避免逾期，并且公积金房贷是没有还款宽限期的。

个人公积金款因资金不够，是不会进行第二次抵扣的。根据住房公积金贷款自动抵扣的相关规定，个人办理了使用个人公积金账户进行贷款月供自动抵扣业务的同时，还要办理一张跟个人贷款银行直接关联的银行卡，如果个人公积金账户余额不足时，可以从该关联银行卡中进行抵扣的，这样就能避免因延期支付而造成的违约行为的。