公积金异地转移余额不会合并。

住房公积金原则上不可以两地缴纳，出现两地缴纳的情况需办理合并业务。一般而言，住房公积金不存在重复缴费情况，但是，因银行系统不通用等历史原因，公积金“一人多户”的现象并不少见。

会可合并

新政策主要包括，职工连续足额缴存住房公积金6个月(含)以上，可申请住房公积金个人住房贷款，贷款对象为购买首套自住住房或第二套改善性普通自住住房的缴存职工。住房公积金个人住房贷款发放率低于85%的设区城市，可适当提高首套自住住房贷款额度。各省、自治区、直辖市要实现住房公积金缴存异地互认和转移接续。

公积金办理异地转移业务，账户内的余额是全额转移的，本金和利息会一起转走。由于公积金贷款买房不同城市的政策不同，因此用户办理了公积金异地转移业务后，能否在当地贷款买房，需要以当地的政策为准。但是，只是公积金异地转移，只要工作发生变动就可以办理。