申请了商家二维码还是不能用花呗的可能原因有：未开通花呗收款、商家支付宝状态异常、商家存在违规行为、支付方花呗被风控、支付方可用额度不足、当前网络信号差、系统升级维护，具体来看就是：

1、未开通花呗收款

申请了商家二维码，但没有开通花呗的收款服务，将不支持花呗的收款方式。

解决办法：登录支付宝，依次单击【我的】-【商家服务】-【花呗收钱】，按照提示操作即可开通花呗收款功能。

2、商家支付宝状态异常

若商家支付宝状态异常，比如网络环境异常、账户涉嫌被盗等，出于资金安全考虑，平台会限制用户的收付款能力，从而导致无法使用花呗收款。

解决办法：商家可联系支付宝客服，按照客服的指引进行操作，待异常状态解除后，就能使用花呗收款。

3、商家存在违规行为

商家在使用花呗的相关服务时，需要遵守平台的规则，如果出现套现、刷分等违规操作，平台将立即采取相关的风控措施，限制商家使用花呗的收付款功能。

解决办法：如果是平台误判导致花呗被限制收付款，可以向支付宝客服进行申诉，并提供相关的交易凭证，申诉通过即可正常收款。否则短期内将被限制收付款，无法人工干预，只能过一段时间再系统评估结果。

4、支付方花呗被风控

如果支付方的花呗因为逾期还款、套现、欺诈等行为导致被风控，自然会导致支付失败。

解决办法：建议支付宝更换支付方式，或者让支付方联系支付宝客服处理，解除风控后再使用花呗付款。

5、支付方可用额度不足

使用花呗付款的前提是，支付方花呗的可用额度大于等于实际需要支付的订单金额。如果花呗的可用额度不足，自然无法使用花呗付款。

解决办法：建议支付方通过其他方式支付，或者尝试提升固定/临时额度，又或者对花呗进行提前还款。

6、当前网络信号差

如果当前网络信号差，将无法连接上支付宝的支付系统，自然会导致支付失败

解决办法：建议切换网络，或者关机重启再试试，同时还可尝试将软件更新到最新版。

7、系统升级维护

如果当前支付宝系统正处于系统维护期间，此时系统会关闭一部分功能，从而导致花呗收款失败。

解决办法：无需处理，系统升级维护完成后，即可恢复正常。

综上所述，申请了商家二维码还是不能用花呗，有可能是商家的问题，也有可能是用户的问题。当遭遇付款失败时，建议及时联系支付宝客服，寻求解决方案。