助学贷款资金发放下来后，如果学校扣除学费时多扣了钱，借款学生去学校的财务处咨询就行。如果是学校搞错了，那可以要求学校把钱退回来。和学校说明情况后，学校查实清楚，一般马上就会进行退款操作，通常一个星期内都能处理完毕。

不过系统可能会把全部资金都转给学校，学校扣了学费后再退多余的钱，所以不一定是学校多扣了，应该只是剩余的钱学校还没退。而助学贷款都是在10到11月才发放，学校扣学费也是在10到11月的时候。