房贷逾期一天，扣了2千多是因为扣款金额包括还款本金、还款利息与罚息，因此比正常还款扣除的金额要多。房贷逾期后的罚息是按天收取的，系统在扣款时，会自动从还款银行卡中扣除这笔资金。不想额外支付费用的话，就必须每期都按时归还房贷。

系统扣款异常的情况是极少发生的，如果对于扣款金额有疑问，可以直接致电房贷银行客服热线进行咨询。