国家开发银行助学贷款逾期记录只能由征信中心来删除。用户通过申诉删除逾期记录，征信中心受理确认无误后，就会尽快给用户更改信息。而无法申诉删除逾期记录，用户只能等逾期记录结清后在征信中保留5年，5年以后由系统自动删除该记录。

另外，即使逾期记录不能尽快消除，用户也可以通过补充说明的方式来降低逾期记录的负面影响。