如果用户办理了公积金对冲业务，并且协议签订的是按月扣款，那么每月房贷系统会优先从公积金账户内的余额发起扣款。而用户没有办理公积金对冲业务，则房贷系统只会从用户的还款银行卡中扣款用于归还房贷。因此，房贷系统是否会从公积金账户余额扣款，主要是看用户是否办理了公积金对冲业务。

用户已经办理了公积金贷款，公积金账户内的余额可以直接提取出来归还房贷，也可以直接办理公积金对冲业务，每月归还房贷。公积金账户内的余额会影响公积金贷款额度，之后后续很长时间用户不会再申请公积金贷款，那么办理公积金对冲业务是比较划算的。

另外，公积金账户内的余额不足时，房贷系统会从公积金账户内先扣除一部分资金，剩余的部分资金从还款银行卡中扣除。