申请公积金贷款后余额可以还款，借款人如果想用公积金余额归还公积金贷款，那么前往当地的公积金中心办理公积金还款业务即可；有以下两种选择：

1、借款人可以办理公积金月冲，办理完成以后就会每个月优先从公积金账户中提取公积金用来偿还公积金贷款的贷款本息；

2、借款人还可以办理公积金年冲，也就是一年还一次，年冲是直接还公积金贷款本金的。