银行扣违约金是合法的。当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法;逾期借款，是指借款人未按借款合同的约定期限返还给贷款人的款项。违约金和罚息是可以同时存在的。