夫妻共同申请公积金贷款，其中一个为主贷人，另一个为次贷人，系统在扣款时，会优先划扣主贷人的还款银行卡，因此两人是不可能同时扣款的。只有划扣主贷人的还款银行卡，金额不足以还清本期月供时，系统才会划扣次贷人的还款银行卡。

因此，主贷人需要承担大部分还款责任，至于次贷人在主贷人无法还款时，可以承担一定的还款责任。