用户申请了公积金贷款，银行仍然会每月从还款银行卡中扣钱用于归还公积金贷款。而用户办理了公积金对冲业务，则优先扣除公积金账户内的余额用于归还公积金贷款，账户内没有余额或者余额不足时，就会继续扣除还款银行卡中的余额用于还款。

因此，公积金贷款还款也是从银行卡中扣钱还款。公积金贷款没有办理对冲业务，则系统只会从银行卡中扣钱。由于用户已经办理了公积金贷款，公积金账户内的余额短时间内不需要提取，那么办理对冲业务是比较划算的，毕竟公积金存在银行的利率并不高。

至于公积金账户内的余额不足，那么系统也会扣除一部分资金用于还款，之后再扣除还款银行卡中的钱归还剩余待还款金额。